Codifica la integrasa de los retrovirus

Abstract

La integrasa de los retrovirus cataliza la inserción covalente de una copia del c DNA viral en el genoma de la célula hospedera. La enzima es codifica por el extremo 3' de la región proviral Pol; presenta tres dominios estructurales: un amino-terminal (1-46 aa), uno central o catalítico (46-219 aa) y uno carboxiterminal o de unión al ADN (220-300 aa). Objetivos: Definir las relaciones filogenética intra-específica y inter-específicas de miembros de la familia Retroviridae. Métodos: A partir de 28 secuencias completas de la IN de diferentes géneros de retrovirus se calcularon, utilizando el método de Kimura doble parámetro, las distancias genéticas entre los diferentes dominios de la proteína de la integrasa y se definieron sus relaciones filogenéticas. Los árboles filogenéticos se obtuvieron mediante los métodos de NJ y MP con bootstraps de 500.Resultados:SeobtuvounafilogeniadelafamiliaRetroviridaerepresentada por cinco “clados” diferentes. Esta distribución fue similar a las obtenidas previamente con secuencias LTR y de envoltura. Se caracterizaron secuencias canónicas de aminoácidos en el dominio N-terminal (HHCC) y en el dominio central catalítico (DTDGEK). Se determinó que los distintos dominios de las integrasas de miembros de la familia Retroviridae mostraron una amplia variación genética (5,0 a 0,68). El dominio central catalítico presentó el menor rango de distancias genéticas (1,91 a 0,44). Conclusión: Los resultados confirman aquellos previamente obtenidos para LTR y env; en su conjunto, éstos son una evidencia fuerte de que estarían operando mecanismos similares de evolución para los genes retrovirales polyenv.