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Bioinformática: caracterización clínica y genómica de enfermedades. Moreno et al.

maforina de proteínas solubles y transmembrana. Las semaforinas están involucradas en numerosas funciones,
incluida la guía del axón, la morfogénesis, la carcinogénesis y la inmunomodulación. Las mutaciones en este gen
están asociadas con enfermedades degenerativas de la retina, incluida la retinitis pigmentosa tipo 35 (RP35). Al
realizar el análisis bioinformático por tecnología in-silico se encontró una predicción de patogenia en 1 de los 4
softwares utilizados. Así mismo, según los cuatro predictores bioinformáticos, se encontró una variante clasifi -
cada como patogénica en el gen PTPN11, miembro fundador de la familia de la proteína tirosina fosfatasa (PTP)
que catalizan la hidrólisis de los monoésteres de fosfato específi camente en los residuos de tirosina; la variante
encontrada (c.922 A>G) genera un cambio de Asparagina por Ácido aspártico en la posición 308, se ubica en el
cromosoma 12 y se ha asociado fuertemente con el síndrome de Noonan. Finalmente, en el gen RAB40AL, que
codifi ca una proteína Ras mitocondrial, se reportó la variante c.176A>G que causa un reemplazo del ácido aspár-
tico por glicina el codón 59 (p.D59G); las variantes en este gen se ubican en el cromosoma X y se han asociado
con síndrome de retardo mental Martin-Probst. Al realizar el análisis genómico-Bioinformático se determinó que
la presencia de este cambio tiene una signifi cancia clínica posiblemente patogénica.

Tabla 1. Análisis in-silico en variantes encontradas por secuenciación exómica

Gen Posición Mutación Cambio de Patología Clinvar SIFT UMD Provean Mutation
aminoácido asociada Predictor Taster
SE- 1:156146640 c.2138G>A p.Arg713Gln Retinitis rs41265017 Afecta la Probable Neutral Probable
MA4A Pigmento- función de benigna benigna
sa 35 la proteína
PTPN11 12:112915523 c.922A>G p.Asn308Asp Síndrome rs28933386 Afecta la Patogé- Patogé- Patogénica
de Noonan función de nica nica
1 la proteína
RA- X:102192422 c.176A>G p.Asp59Gly Síndrome Rs134606134 Afecta la Probable Probable Probable
B40AL de retardo función de Patogé- Patogé- Patogénica
Mental la proteína nica nica
Martin-
Probst

Adicionalmente, buscando determinar interacciones entre los genes afectados que permitan encontrar una relación
genotipo-fenotipo, facilitando el entendimiento del caso clínico, se construyó la red de interacción génica (Figura
1); En esta red se logró observar que los tres genes implicados en las patologías clínicas de la paciente se encontra-
ron según el análisis con GeneMania, interactuando entre ellos y a su vez con otros 19 genes, teniendo diferentes
niveles de interacción física y genética, co-expresión y rutas metabólicas. De esta manera se hizo posible visua-
lizar la interacción entre los diversos genes, lo cual permite el conocimiento y entendimiento de la existencia de
enfermedades complejas asociadas a causas poligénicas.

Los genes destacados por su alta expresión fueron PLXND1, FLT1 y PLXNB2. También, entre los genes con me-
nor expresión se encontraron GAB1, GAB 2, LILRB4,GRB7 y PDGFRB. El gen SEMA4A presentó asociación
con 6 genes diferentes, teniendo con 4 de ellos (PLXNB1, PLXNB2, PLXND1, PLXNB3) una alta interacción.
El gen RAB40L tuvo una ligera y única interacción con el gen LILRB4, el cual tiene interacciones directas con
CTLA4 que a su vez envía señales PTPN11. Finalmente, este último gen PTPN11, fue el que más interacciones
génicas reportó (15), siendo las asociaciones con ANGPT1 y UNC5C las más fuertes en cuanto al porcentaje de
interacción.

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Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2020; 32: 22-30.