Page 24 - ACCB 2020

Revista de la Asociación Colombiana de Ciencias Biológicas
issn impreso 0120-4173, issn en línea 2500-7459
Teniendo en cuenta que el avance en las técnicas bioin- conservación, propiedades bioquímicas de los residuos
formáticas permite realizar acercamientos y mejoras en mutantes y de tipo salvaje, y el impacto potencial de la
los diagnósticos, correlacionando genotipo – fenotipo y variación en el ARNm.
permitiendo el acercamiento a una terapia personaliza-
da, el objetivo de este trabajo fue realizar la caracteri- Análisis de interacción génica. Para la construcción la
zación molecular y de expresión génica en una paciente red de interacciones (tipo coexpresión, interacciones fí-
con diversas patologías, con una manifestación clínica sicas, predicciones y dominios de proteína compartidos)
compleja mediante técnicas bioinformáticas. de las variantes génicas encontradas en la secuenciación
exómica se utilizó el complemento GeneMania (10) el
Materiales y métodos cual usa el principio de redes de peso (weight networks)
Presentación Clínica. Paciente de género femenino con para ponderar las predicciones y calcular el coefi cien-
resultados de examen físico que arroja dismorfi a facial te de correlación de Pearson para cada par de genes.
caracterizado por puente nasal plano y deprimido, es- La información sobre la ontología del gen – categorías
tatura baja, maloclusión e hipoplasia dental; trastorno GO- de procesos biológicos estadísticamente destaca-
en el desarrollo de funciones cerebrales superiores “len- dos para los genes asociados, fue extraída de la red uti-
guaje y praxias”, trastorno en el desarrollo de los dispo- lizando el programa Gene Ontology Browser (11).
sitivos básicos del aprendizaje “memoria y atención” e
“infl exibilidad cognitiva”, anomalías cardiacas, antece- Aspectos bioéticos. Protección de personas y animales:
dentes de anemia, enfermedad de Kawasaki y neumonía Los autores declaran que los procedimientos seguidos
complicada por absceso pulmonar. se conformaron a las normas éticas de comité de expe-
rimentación humana responsable y se adapta a los prin-
Pruebas moleculares. La paciente presentaba previa cipios establecidos en la Declaración de Helsinki de la
secuenciación de exoma completo mediante la extrac- Asociación Médica Mundial (AMM); el nivel de esta
ción de ADN de sangre venosa periférica, utilizando la investigación se ha categorizado como riesgo mínimo,
tecnología Illumina. Todas las regiones seleccionadas ya que presenta un riesgo muy bajo de daño físico al
tenían una profundidad mayor o igual a 32.3× y un um- participante al tratarse de un estudio retrospectivo de
bral mínimo de confi anza de mapeo de Q30 con una revisión de resultados.
lectura total de 23,434,732 bibliotecas Nextera tm Illu-
mina. Las lecturas fueron alineadas contra la secuencia • Confi dencialidad de los datos: Los autores declaran
de referencia (GRCh37). Las variantes reportadas en el que en este artículo no aparecen datos de pacientes
exoma fueron identifi cadas e interpretadas por medio de y han seguido los protocolos de su centro de traba-
análisis in-sílico. jo.

Análisis in-sílico. Para la investigación bioinformática • Derecho a la privacidad y consentimiento infor-
de datos de referencia se utilizaron diferentes bases de mado: Los autores declaran que en este artículo no
datos como ClinVar e información del Instituto Europeo aparecen datos personales de pacientes y se obtuvo
de Bioinformática, el Centro Nacional de Biotecnolo- el respectivo consentimiento y asentimiento infor-
gía (NCBI) (EMBL-EBI). Para analizar las variantes mado para el procesamiento de muestras y uso de
reportadas se utilizaron los Softwares SIFT, Mutation datos de forma confi dencial por parte del represen-
Taster (7), Provean (8) y el predictor UMD (9), los cua- tante legal del paciente.
les sirvieron como herramientas in-sílico. Basándose en
la homología de la secuencia y las propiedades físicas Resultados
de los aminoácidos, SIFT predice si una sustitución Se encontraron múltiples variantes de signifi cado clíni-
de aminoácidos afecta la función de la proteína, Mu- co benigno y 3 variantes distribuidas en los cromoso-
tation Taster predice las variantes como la causa de la mas 1, 12 y X que podrían explicar el fenotipo encon-
enfermedad teniendo una probabilidad de 0.999, PRO- trado en la paciente (Tabla 1). Se identifi có la variante
VEAN predice si una sustitución de aminoácidos tiene c.2138G>A, de tipo missense el cual cambia una Argi-
un impacto en la función biológica de una proteína y nina por una glutamina en la posición 713 (p.R713Q);
el predictor UMD proporciona un enfoque combinato- esta variante se encontró afectando al gen SEM4A el
rio, para identifi car posibles variaciones patógenas aso- cual se ubicada en el cromosoma 1. Se informó que el
ciando datos como localización dentro de la proteína, gen SEMA4A codifi ca a un miembro de la familia se-

24
Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2020; 32: 22-30