Page 63 - Revista 2019

Ancestría y cáncer colorrectal en Colombia. Criollo et al

ciones en las frecuencias alélicas y en el desequilibrio sanguinidad y mayores de 55 años. La documentación
de ligamiento -DL-; lo cual puede incrementarse por la del proyecto fue aprobada por el comité de Bioética de
mezcla genética, como la ocurrida en la Región Andi- la Universidad del Tolima y de cada una de las institu-
na colombiana, objeto de estudio en este trabajo, en las ciones colaboradoras. El protocolo de investigación se
que se produjo un mestizaje entre nativos americanos ciñó a los principios de la declaración de Helsinki.
y europeos principalmente (21), producto del oleaje
migratorio durante el periodo de la colonia. La imple- Genotipifi cación y control de calidad. Se extrajo el
mentación de las anteriores estrategias, ayudan a clari- ADN a partir de las muestras de sangre de casos y contro-
fi car la etiología molecular del CCR y permiten generar les empleando el equipo automatizado MAXWELL-16
herramientas para impactar en la efi ciencia del mane- (Promega® Madison, Wisconsin, USA) y la cuantifi -
jo y prevención del CCR en la población colombiana cación se desarrolló empleando un equipo Nanodrop
y así mismo aportar al desarrollo de posibles paneles ND-2000 (®Thermo Fischer Sicentifi c, Waltham, MA
de marcadores para el tamizaje. Por lo anterior, con el USA). Se genotipifi caron 1.169.207 de SNPs distribui-
fi n de analizar la ancestría genética y su relación con el dos en dos microarreglos diferentes (Custom-550434 y
riesgo a desarrollar CCR en Colombia, se estudiaron 20 LAT), usando la plataforma GenTitan Axyom Affyme-
regiones cromosómicas conocidas, sus variaciones ge- trix (®Thermo Fischer Sicentifi c, Waltham, MA USA)
nómicas, la estructura genética de la población (inclu- en la Universidad Santiago de Compostela. Los datos
yendo las proporciones ancestrales), algunos factores genotípicos se sometieron a un control de calidad si-
socioeconómicos y el efecto de la ancestría local, en un guiendo protocolos reportados (22). Después de aplicar
total de 955 y 968 controles, captados en el marco del los fi ltros, un total de 1.169.944 marcadores quedaron
proyecto «Genetic Study of Common Bowel Cancer in para los análisis genómicos.
Hispania and the Americas –CHIBCHA-», en Colom-
bia, para lo cual se tipifi caron 1.169.944 SNPs, en la Análisis estadístico y bioinformático. Se desarrolla-
búsqueda de ampliar el conocimiento de la genética del ron los análisis de asociación en 20 SNPs de riesgo
síndrome. CHIBCHA es una iniciativa internacional, reportados previamente en otras poblaciones, y los es-
apoyada en el consorcio que lleva el mismo nombre y tudios genómicos globales (ancestría global y cromosó-
del cual hacen parte distintos centros de investigación mica local).
del Reino Unido, España, Portugal, Brasil, México,
Uruguay y Colombia, fi nanciado por la Comisión Eu- Ancestría global. La ancestría genética se estimó

ropea en el 7 marco (https://cordis.europa.eu/project/ mediante ADMIXTURE V.2, usando 87.359 SNPs.
rcn/91245/reporting/en). Se ejecutó el programa empezando con un k=2 hasta
k=5, con 100 réplicas, incorporando los casos y contro-
Materiales y Métodos les e individuos de las poblaciones parentales: África
(YRI=108), Europa (CEU=99, GBR=104, IBS=107)
Poblaciones y muestras. Las muestras de sangre se y Nativos Americanos (Tlapanec=5, Quechua-Perua-
recolectaron en el marco del proyecto: «Genetic Study nos=24, Mexicanos-Nahua/Mixtec/Maya=34, Aymara-
of Common Bowel Cancer in Hispania and the AMe- Bolivia=25). Los resultados se analizaron en R, bajo
ricas –CHIBCHA-» (http://www.well.ox.ac.uk/CHIB- estadísticos no paramétricos (U-Mann Whitney).
CHA/) en los centros: Hospital Federico Lleras Acosta
(Ibagué), Instituto Nacional de Cancerología (Bogo- Análisis de asociación en 20 SNPs de susceptibilidad.
tá D.C), Hospitales Pablo Tobón Uribe y San Vicente Las asociaciones alélicas se realizaron en PLINK (23),
de Paul (Medellín), Hospital Universitario Fernando y empleando lenguaje de programación en R (Versión
Moncaleano Perdomo (Neiva) y Registro Poblacional 3.2.1; http://www.r-project.org/) (24). Los modelos de
de Cáncer de Pasto, entre otros. Se empleó un total de regresión logística para la susceptibilidad al CCR tuvie-
1923 participantes (955 casos de CCR y 968 controles), ron en cuenta las proporciones ancestrales globales, el
incluyendo casos menores de 75 años con diagnóstico sexo, el estrato socioeconómico, el nivel de educación

de adenocarcinoma/adenoma de colon y recto; captados y los componentes principales (PCs). Los PCs se calcu-
entre 2005 y 2013. Los controles cumplieron con los si- laron en mediante el programa SmartPCA (25) y fueron
guientes criterios de inclusión: Personas sin diagnóstico usados para corregir el efecto de la estructuración po-
de cáncer, en particular neoplasia colorrectal; sin his- blacional.
toria familiar de cáncer hasta el segundo grado de con-

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Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2019; 31: 61-72