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Ancestría y cáncer colorrectal en Colombia. Criollo et al

Dado que la ancestría europea se encontró correlacionada con el PC2 (corr=-0.8261193, p <2.2e-16) y el PC4
(corr=-0.74, p<2.2e-16), fue necesario excluirlos de los modelos; por otro lado, ambos PCs estuvieron correlacio-
nados entre sí (corr=0.62, p-val < 2.2e-16). Finalmente se obtuvieron cinco marcadores signifi cativamente aso-
ciados, y también la ancestría europea. Al incluir en un solo modelo a los 5 SNPs, las variables sociodemográfi cas
y los componentes principales 1 y 3, solo tres marcadores permanecieron signifi cativos (rs16892766 p=0.03236,
rs444423 p=0.01570, rs4939827 p=0.03752), además de la ancestría europea (OR=4.374, IC95%=1.37-14.21, p=
0.01346).
Mapeo de la mezcla. Se calculó la ancestría por cada locus, evaluado a lo largo de todos los autosomas, y después
de realizar la asociación entre casos y controles mediante modelos de regresión logística (mapeo de la mezcla),
se encontraron dos regiones cromosómicas con una ancestría europea signifi cativamente más alta en casos que en
controles así: 4p13 entre 41.8 y 45 Mb (OR =1.380, IC95%=1.216-1.566; p =5.92e-07) y 6q22.3 entre 24.1
crudo crudo
y 30 Mb (OR =1.45, IC95%=1.275-1.653; p =2.02e-8), lo cual se mantuvo después del ajuste por ancestría
crudo crudo
global tanto en 6q22.3 (OR =1.378, IC95%=1.202-1.580, P =4.2e-6), como para 4p13 (OR =1.301,
ajustado ajustado ajustado
IC95%=1.137-1.489; P ajustado =0.00013) (Fig. 2). En la región del cromosoma 6 se encontraron varios genes en una
ventana de 500 Kb alrededor del SNP de mayor asociación, tales como el LRRC16A (chr6:25279428 – 25620530),
entre otros. En cuanto la región 4p13, es posible visualizar varias características en una ventana de 500 Kb, alre-
dedor del SNP con mayor asociación, tales como el gen SHISA3 (Homólogo de la proteína shisa 3); también se
encuentra ATP8A1 (Transportadora de fosfolípidos 8A1 con actividad ATPasa).

Figura 2. Gráfi co de Manhattan para el logaritmo negativo de la probabilidad cruda de asociación entre la do-
sis de ancestría europea en cada locus autosómico evaluado, cuando se compararon casos de CCR y controles
colombianos. Se observan los picos principales detectados mediante el mapeo de la mezcla, localizados en el
cromosoma cuatro y el seis.

Discusión.

Las características genéticas de la población colombiana actual, fueron defi nidas por la diversidad y densidad de
las poblaciones indígenas en periodos precolombinos y los patrones de mestizaje ocurridos entre dichas poblacio-
nes originales con europeos y africanos. La variación en la ancestría genética observada, originada por la historia
demográfi ca de la región andina colombiana, puede emplearse para explicar la susceptibilidad a enfermedades
como el CCR. Por ejemplo, la alta incidencia del CCR en europeos (68-44/100.000) comparada con poblaciones
nativas (34/100.000), sugiere que en las poblaciones mestizas como latinos, dicha enfermedad al ser de carácter
complejo, se presente en tasas intermedias (28), lo cual así sucede (58-50/100.000) (29); por lo tanto la variación
genética en relación a la contribución del riesgo, pudo haber cambiado de frecuencias por procesos estocásticos de
deriva durante colonia, especialmente debido al mestizaje.

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Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2019; 31: 61-72