Page 66 - Revista 2019

Revista de la Asociación Colombiana de Ciencias Biológicas
issn impreso 0120-4173, issn en línea 2500-7459
El modelo basal (m1) fue ajustado por las covariables: sexo, origen geográfi co, estrato socioeconómico y nivel
educativo. El origen geográfi co, correspondió al departamento/región de nacimiento. La tabla reporta el logaritmo
de la verosimilitud de cada modelo (LogLik) y el valor estimado del coefi ciente (beta).
Se analizaron rangos de la ancestría europea mediante una regresión logística, ajustando para las cuatro covaria-
bles ya mencionadas, y tomando como nivel basal para comparar, el rango de ancestría europea más bajo (0-25%).
Los rangos más signifi cativos fueron entre 50-75% (P=0.049) y entre 75-100% (P=0.0407), al comparar con el
nivel basal; presentando ORs ajustados de 2.30 (IC95%=1.019-5.442) y de 2.64 (IC95%=1.057-6.863) respectiva-
mente. Para la ancestría NAM, el intérvalo signifi cativo estuvo entre 50-75% (OR ajustado=0.591, IC95%=0.376-
0.926, P=0.022), refl ejando el efecto protector frente al incremento del riesgo. Tabla 3. Algunas de las covariables
resultaron signifi cativas cómo, por ejemplo, el estrato socioeconómico y el nivel educativo, tanto como cuando se
analizó la ancestría como variable continua o categórica.
Tabla 3. Frecuencias alélicas y ORs en casos de CCR y controles para los 20 SNPs analizados.
Región SNP Alelos AR FAR Casos FAR Controles OR alélico IC95% P P*
18q21.1 rs4939827 T/C T 0.401 0.331 1.351 (1.184-1.541) 7.35E-06 0.000147
19q13.11 rs10411210 C/T C 0.864 0.826 1.34 (1.124-1.598) 0.001079 0.02158
10p14 rs10795668 G/A G 0.701 0.655 1.233 (1.077-1.412) 0.0024 0.04799
14q22.2 rs4444235 C/T C 0.452 0.408 1.201 (1.056-1.364) 0.005061 0.1012
20p12.3 rs961253 A/C A 0.372 0.329 1.204 (1.054-1.375) 0.006159 0.1232
8q23.3 rs16892766 C/A C 0.069 0.049 1.419 (1.082-1.861) 0.01109 0.2218
8q24.21 rs10505477 A/G A 0.567 0.528 1.167 (1.028-1.325) 0.01709 0.3419
8q24.21 rs7014346 A/G A 0.338 0.304 1.169 (1.021-1.339) 0.0236 0.472
15q13.3 rs4779584 T/C T 0.287 0.255 1.175 (1.019-1.355) 0.02636 0.5271
6p21.2 rs1321311 A/C A 0.235 0.207 1.183 (1.015-1.377) 0.03102 0.6203
8q24.21 rs6983267 G/T G 0.575 0.542 1.144 (1.007-1.299) 0.03849 0.7698
AR: alelo de riesgo, FAR: frecuencia del alelo de riesgo, IC: intervalo de confi anza, P: valor p crudo, P*: valor p ajustado.
Interacciones entre los SNPs conocidos y la ancestría. Once de los 20 marcadores se asociaron signifi cativa-
mente con el riesgo al CCR en la población colombiana (P<0.05), pero solo tres después del ajuste de Bonferro-
ni (rs4939827, P=0.000147; rs10411210, P=0.02158 y rs10795668, P=0.04799). Se analizó la relación de los
20 SNPs en conjunto con la ancestría, mediante la implementacion del siguiente modelo de regresión logística:
P(fenotipo|ancestría,SNP)= 1 / (1+ e -(β0+β1*ancestría+β2*SNP+εi ) ), adicionando las covariables sociodemográfi cas y los
PCs calculados a partir de 87.359 SNPs. En la tabla 4 se muestran los resultados de las asociaciones con un SNP
de riesgo a la vez, se aprecian solo los resultados para las variables de interés.

Tabla 4. Variantes SNPs signifi cativamente asociadas con el riesgo al CCR, mediante modelos de regresión logística. Los
modelos incluyeron la adición de la ancestría europea en cada caso.

CRO SNP AR TEST SE COEF OR IC95% P
ADD 0,1747 2.366 1.512 (1.074-2.129) 0,01798
8 rs16892766 C
EUR 0,5806 3.013 5.752 (1.843-17,95) 0,002585
ADD 0,08085 2.051 1,18 (1.007-1.383) 0,04026
10 rs10795668 G
EUR 0,5822 3.084 6.023 (1.924-18,85) 0,002042
ADD 0,07721 2,47 1,21 (1,04-1.408) 0,01349
14 rs4444235 C
EUR 0,587 2.738 4.988 (1.579-15,76) 0,006186
ADD 0,07923 2.817 1,25 (1,07-1,46) 0,00485
18 rs4939827 T
EUR 0,5846 2.786 5.098 (1.621-16,03) 0,005332
ADD 0,1049 2.078 1.244 (1.012-1.527) 0,03768
19 rs10411210 C
EUR 0,5809 3.033 5.823 (1.865-18,18) 0,002424
CRO: cromosoma, ADD: modelo aditivo para cada SNP, EUR: ancestría europea, SE: error estándar, COEF: coefi ciente en la
regresión, IC95%: intervalo de confi anza al 95%, P: valor p.

66
Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2019; 31: 61-72