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Revista de la Asociación Colombiana de Ciencias Biológicas
issn impreso 0120-4173, issn en línea 2500-7459
cia de estas enfermedades porque generalmente solo se reversibles), que evita la unión de más de un nucleó-
diagnostican algunos casos que usualmente correspon- tido marcado en cada sitio de reacción, de tal manera
den a los casos más graves, siendo poco diagnosticados que puede ubicar el que corresponde a cada punto en la
los casos leves o portadores de mutaciones (9,10). Por secuencia y se disminuyó el riesgo de errores en la se-
este motivo se hacen necesarios estudios que brinden cuenciación. El instrumento utilizado fué HiSeq 2500
información asociada a las frecuencias alélicas pobla- machine, con longitud de Lectura ( 2 x 150 pb), bases
cionales de mutaciones presentes en la población el totales por Secuenciación: 450-500 Gb, números de
suroccidente Colombiano, a fi n de tener información lecturas (ciclos) realizadas (millón) 4000 y cobertura
completa y actualizada sobre su carga, lo que permitirá 100 X. Los resultados de la secuenciación se obtuvie-
alertar a la comunidad médica y a las autoridades de sa- ron en archivos VCF y se pasaron por un primer fi ltro
lud a fi n de identifi car precozmente e instaurar progra- de interpretación y priorización. Las anotaciones in-
mas de diagnóstico temprano, ya que en la actualidad cluyen asociaciones de medicamentos TARGET, 1000
se encuentra tratamiento específi co para varias de ellas, genomas, Exome Variant Server y Exome Aggregation
asociado a la importancia del manejo transdisciplina- Consortium (ExAC) frecuencias de alelos menores por
rio que minimice la morbilidad – mortalidad atribuida población. La cigosidad variante, la cobertura de acu-
este complejo patológico, incluyendo un adecuado ase- mulación y las frecuencias alélicas variantes se pro-
soramiento genético y búsqueda de posibles dianas te- porcionan cuando los usuarios envían archivos VCF.
rapéuticas dirigidas; permitiendo un acercamiento a la Se proporcionaron anotaciones a nivel de variantes y
medicina de precisión. genes y puntajes bioinformáticos para permitir la inter-
pretación y priorización de las variantes identifi cadas en
MÉTODOS los estudios de secuenciación, que incluyeron desplaza-
TIPO DE ESTUDIO miento de marcos de lectura, inserciones / deleciones,
Estudio descriptivo observacional donde se determi- sitio de empalme, missense y nonsense.
nó la frecuencia alélica de variantes presentes en los
genes IDUA, IDS, SGSH, NAGLU, HGSNAT, GNS,
GALNS, GLB1, ARSB ,GUSB ,HYAL1, asociados a CÁLCULO DE FRECUENCIAS ALÉLICAS
MPS. Este estudio se rige por los estudios MPS apro- Por medio de los hallazgos de VCFs se buscaron va-
bados en el comité de ética institucional No 016-016, riantes en los genes asociados al complejo MPS. Para
Universidad del Valle. cada una de las variantes encontradas se tabuló su po-
sición, cambio de nucleótido, cambio de aminoácido, y
POBLACION DE ESTUDIO frecuencia alélica. La frecuencia alélica es la medida de
Para el estudio se tomaron los resultados obtenidos de la proporción relativa de alelos de una población dada,
la secuenciación del exoma completo de 320 pacientes expresándose en porcentaje o en la unidad. Se estima
sin diagnóstico clínico de MPS del Suroccidente Co- contando el número de veces que es observado el alelo
lombiano, pertenecientes a la base de datos del Instituto de un locus y dividiéndolo entre el número total de ale-
de Genética Médica – GENOMICS (Cali), previa fi rma los estudiados
de consentimiento y asentimiento informado.
La frecuencia génica- alélica se calculará por cuenta
SECUENCIACIÓN DE EXOMA simple:
Se realizó una extracción de sangre y posterior colec- f (A) = # alelos observados / # total de alelos
ción en papel de fi ltro e inmersión en tampón de fosfato.
Extracción de DNA, mediante paquete DNeasy de Qia-
gen; a cada muestra se le cuantifi có y verifi có la calidad CRITERIOS DE INCLUSIÓN
y cantidad de ADN. Seguido se realizó secuenciación Diagnóstico diferente de MPS con sospechas de enfer-
masiva de librerías Nextera TM mediante plataforma medades complejas, obtenido de la base de datos del
Illumina con cobertura de 100X. Alineamiento con ge- Instituto de Genética Médica – GENOMICS (Cali)
noma de referencia GRCh38. La plataforma de Secuen-
ciación de nueva generación que se utilizó fué Illumi- Pacientes originarios de regiones del suroccidente co-
na, se utilizaron nucleótidos modifi cados con etiquetas lombiano
fl uorescentes específi cas. Los nucleótidos utilizados
presentaron una modifi cación química (terminadores Todos los pacientes fi rmaron un consentimiento infor-

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Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2020; 32: 124-142.