Page 120 - Revista 2019

Revista de la Asociación Colombiana de Ciencias Biológicas
issn impreso 0120-4173, issn en línea 2500-7459
Tolima y Córdoba; con el fi n de identifi car, heteroci- contemplan como posibles poblaciones parentales de
gocidad, frecuencias alélicas y distancias genéticas Fst, aquellas analizadas. Los genotipos fueron obtenidos de
mediante el análisis de análisis de 100 marcadores in- las bases de datos del proyecto 1000 genomas.
formativos de ancestría (SNPs autosómicos).
Extracción, cuantifi cación y dilución del ADN. Una
Materiales y métodos vez se defi nieron los grupos familiares y el conjunto de
individuos no emparentados, se procedió a realizar la
Poblaciones y muestras. extracción y cuantifi cación de ADN en el laboratorio de
Permiso ético y consentimiento informado. Para obte- Citogenética, Filogenia y Evolución de Poblaciones de
ner las muestras de sangre, necesarias para la realiza- la Universidad del Tolima. Para los Nasa (n=96), Pijao
ción de los estudios genético-moleculares, se requirió (n=52), población general de Ibagué (n=116), Ortega
primero la aprobación del proyecto y de los consenti- (n=44), Planadas (n=47). A partir de la muestra de san-
mientos informados, ante el comité de bioética de la gre, se extrajo DNA genómico total mediante el equipo
universidad del Tolima. automatizado Maxwell 16 -Human Whole Blood Geno-
mic DNA (Promega tested)- empleando el kit Maxwell
Se diseñaron dos tipos de consentimientos informados -16 blood DNA purifi cation-(cat. AS1010). La cuanti-
(CI) para las muestras indígenas: el CI individual, fi rma- fi cación se hizo mediante nanodrop ND-2000, se ve-
do por la persona donante de la muestra y el CI comu- rifi có que la concentración de cada muestra estuviera
nitario, fi rmado por el líder de la comunidad indígena. por encima de 10 ng/μl, al igual que la calidad (relación
Para los casos de la población general o no-indígena, 260/280 entre 1.7 y 1.9). Para la genotipifi cación de los
se empleó un tercer formato de CI. Adicionalmente se marcadores, las muestras de DNA se prepararon en pla-
diseñó una entrevista para indagar acerca de la historia tos de 96 pozos a concentración de 20 ng/ μl en el Well-
familiar del donante. come Trust Centre for Human Genetics de la Universi-
dad de Oxford-UK. Todas las muestras se organizaron
Se tomaron muestras de sangre en tres comunidades in- en 6 platos (96-Well PCR Plate, THERMO- AB-2396).
dígenas, el resguardo de la etnia Nasa-Paez de Gaitania
en Planadas-Tolima, el resguardo Pijao Lomas de Hi- Marcadores Genéticos y Genotipifi cación. Se selec-
larco en Coyaima-Tolima, el resguardo Pijao Guatavi- cionaron 100 SNPs autosómicos bialélicos a partir de
ta Tua en Ortega-Tolima. De igual manera, se tomaron un conjunto de 446 que hacen parte del panel LACE,
muestras de sangre a personas de la población general, diseñado por la Fundación Pública Galega de Medicina
en municipios o localidades cercanas a los resguardos Xenómica (SERGAS)-CIBERER, Universidad Santiago
o cabildos indígenas, con el objeto de analizar el fl ujo de Compostela-España. Este panel proporciona un con-
genético y efectos de continuidad genética. Todas las junto de marcadores con capacidad para distinguir entre
muestras se almacenaron en el laboratorio de Citogené- las tres poblaciones ancestrales de los latinoamericanos,
tica, Filogenia y Evolución de Poblaciones de la Uni- es decir los Ami, Afr y Eur, debido a que presentan am-
versidad del Tolima. plias diferencias en las frecuencias interpoblacionales
(17).
Selección de Individuos no emparentados y grupos fa-
miliares. Con base en las entrevistas realizadas en cam- La genotipifi cación de los AIMs se realizó mediante la
po, se elaboró una base de datos con la información plataforma de Sequenom MassARRAY iPLEX (18,19),
personal y familiar. De esta manera se establecieron los estandarizada en la Fundación Pública Galega de Me-
grupos familiares que componían la muestra de cada dicina Xenómica (SERGAS)-CIBERER, Universidad
población. Posteriormente, se seleccionó un grupo de Santiago de Compostela - Galicia, España. Esta plata-
individuos no emparentados por población, los cuales forma permite dos niveles de especifi cidad, primero un
fueron incluidos para los análisis genético-moleculares. PCR locus-específi co (PCR de amplifi cación), y segun-
do, una reacción de extensión de cebadores SNP-espe-
Poblaciones de referencia. Para los análisis de ances- cifi ca (ensayo iPLEX), en la cual el primer oligonucleo-
tría genética mediante AIMs, fue necesario contar con tídico anilla inmediatamente corriente arriba del SNP
datos genotípicos de poblaciones de referencia indíge- que se va a genotipifi car. Una ventaja de este método
na, europea, africana y asiática, para obtener la estruc- es que se pueden amplifi car y extender en un mismo
tura genética más probable, en vista de que algunas se volumen de reacción por muestra desde 1 a 40 SNPs

120
Rev. Asoc. Col. Cienc.(Col.), 2019; 31: 118-126.